Tagadējā mūra baznīca uzcelta laikā no 1846. līdz 1850. gadam blakus iepriekšējai, ar 500 sēdvietām un mūra zvanu torni.
Nevar nepieminēt arī 1905. gada revolūciju Latvijā, kad tauta sacēlās pret vācu muižniecību un cara patvaldību. Šajā trauksmainajā laikā vietējo revolucionāru vadītājs, tautskolotājs Pēteris Rizga pēc sazināšanās ar vietējo mācītāju, kāpa Sēlpils baznīcas kancelē un uzrunāja savus novadniekus, skaidrojot revolūcijas mērķus.
1907. gadā Sēlpils draudzē bija ap 3800 locekļu. Altāra glezna - "Kristus pie krusta" gleznota ap 1850. gadu, autors nav zināms. Glezna karā bija stipri bojāta, pēc tam restaurēta. Sākoties 2. pasaules karam, baznīcas tornis stipri sašauts. 1941. gadā aizejošās sarkanarmijas daļas pāri Daugavai no Vidzemes puses sašāva baznīcas jumtu un torni. Arī 1944. gada vasarā, kad vācu armijas daļas atkāpās, viņu raidītie šāviņi pāri Daugavai atkal postīja baznīcu. Protokolu grāmatā fiksētā pēdējā draudzes padomes sēde notika 1960. gada 13. martā un beidzās 16.30.
1992. gada sākumā baznīcai tika noņemtas sijas un mūri atbrīvoti no koka daļām. Sēlpils baznīcas rekonstrukcijas projektu paredzēts veikt līdz 2008.gadam, kad Sēlpils svinēs 800 gadu jubileju, kopš Sēlpils vārds minēts vēstures anālēs.
2
