Farmācijas muzejs atklāts 1987. gadā kā Paula Stradiņa Medicīnas vēstures muzeja filiāle. Iekārtots dzīvojamā ēkā, kas ir 18. gs. arhitektūras piemineklis. Muzejā atspoguļota farmācijas un aptieku veidošanās vēsture Latvijā. Skatāmi XVII-XIX gs. dokumenti un grāmatas, aptieku trauki, signatūras, zāļu formas un ierīces to pagatavošanai, kā arī XX gs. 20.-30. g. un mūsdienu Latvijā ražotie medikamenti.
Muzejā ir jauna ekspozīcija, kas veltīta gan aptiekas laboratorijai, gan tautas dziedniecībai. Izsenis nozīmīgākā telpa aptiekā bijusi laboratorija, kurā izgatavoja ne tikai medikamentus, bet arī citas preces. Tajā notika arī ķīmiski eksperimenti, jaunu zāļu meklējumi un pētījumi.
Pirmās ķīmiskā eksperimenta metodes - destilāciju, sublimāciju un filtrēšanu - izstrādāja alķīmiķi. Viņi izveidoja un pilnveidoja arī laboratorijas iekārtas, atklāja praksei svarīgas vielas. Alķīmiķi nodarbojās arī ar veselības un jaunības atgūšanas jautājumiem. Viņi atklāja etilspirtu, ko ieguva no vīna. Tāpēc arī mūsu dienās spirtu latīniski bieži sauc par spiritus vini.
Baltijas aptiekas bija slavenas ar savu kultūru. Tomēr tajās izgatavotās zāles nebija pieejamas latviešu zemniekiem, kuri ārstējās ar savvaļā vai sakņu dārzā augošajiem ārstniecības augiem. Par zemnieku slimnīcu parasti kalpoja pirts. Tautas dziednieces ārstniecības augus un citus līdzekļus rūpīgi vāca, uzglabāja un sagatavoja lietošanai. Aptiekāri bieži vien sūdzējās varas iestādēm par zāļu sievām, kuras radīja aptiekām zināmu konkurenci. Tātad šajā laikā farmācija bija ne tikai aptiekāru, bet arī tautas dziednieku pārziņā.
