Kurzemes un Zemgales hercogu kapeņu vēsture aizsākas 1582. gadā, kad tika pabeigta Jelgavas pils baznīcas izbūve ar pagrabtelpu, uz kurieni no Kuldīgas hercogs Gothads Ketlers pārveda savus 3 agrāk mirušos bērnus (līdz 1737. gadam šajās kapenēs bija guldīti 24 Ketleru dinastijas locekļi).
1737.gadā vecā Jelgavas pils kopā ar baznīciņu tiek uzspridzināta, lai atbrīvotu vietu jaunās pils celtniecībai. Sarkofāgus uz laiku novietoja citā ēkā. E.J.Bīrons, 1737. gadā jaunajā pilī kapenēm tika piemērotas divas nelielas velvētas telpas dienvidu korpusa cokolstāvā ar atsevišķu ieeju no ārpuses.
Naudu kapeņu iekārtošanai saziedoja Kurzemes muižnieki 1819. gadā. Pēc Kurzemes un Zemgales iekļaušanas Krievijas impērijā, kapenes pārcēla uz pašreizējo vietu - pils dienvidaustrumu stūra cokolstāvu - kur, likvidējot trīs nelielas dzīvojamās istabas, tās ieguva 16,5 m un 5 m platu, ar mucas velvi segtu telpu.
Kapenes plašākai publikai bija apskatāmas līdz 1891. gadam, kad tās apmeklētājiem slēdza.
Savas pastāvēšanas vēsturē kapenes vairākkārt tika izpostītas un izlaupītas. Pirmos postījumus
Ziemeļu kara laikā 1705. gadā veica zviedru karavīri. Pēc Pirmā pasaules kara 1919. gadā boļševiki un Bermonta armijas karavīri nesaudzīgi izdemolēja kapenes un sarkofāgus.
Tikai no 1933. gada līdz 1934. gadam Pieminekļu valde kapenes izremontēja un paplašināja, pievienojot galvenajai telpai vēl 4 nelielas telpas. Tika salaboti sarkofāgi un kapenes atvērtas apskatei.
Otrā pasaules kara laikā un pirmajos pēckara gados kapenes ilgstoši tika postītas, līdz četrdesmito gadu beigās logus un durvis aizmūrēja.
1973.,1976., 1991. gadā tika veikta kapeņu inventarizācija, apbedījumu sakārtošana un izpēte, kā arī bojāto tekstiliju konservācija un restaurācija. Daļa no restaurētajiem tērpiem šobrīd izstādīti ekspozīcijā.
1987. gadā sarkofāgu aprūpi pārņēma Rundāles pils muzejs. Šobrīd kapenēs atrodas 30 apbedījumi - 21 metāla sarkofāgs un deviņi koka zārki. Pēc atkārtotas kapeņu inventarizācijas un sakopšanas, tās ir atvērtas apmeklētājiem no 1992. gada. 1990. gadā tika restaurēti hercoga E.J.Bīrona un hercogienes Benignas Gotlības sarkofāgi. 2005. gadā ar Kurzemes bruņniecības organizācijas atbalstu tika restaurēts hercoga Vilhelma sarkofāgs. 2008. gada 29. jūnijā tika iesvētīts atjaunotais Kurzemes hercogienes Sofijas Amēlijas mirstīgās atliekas restaurētajā sarkofāgā. 2009.gadā pēc restaurācijas atgriezās hercoga Ferdinanda sarkofāgs, 2010.gadā – hercoga Jēkaba sarkofāgs, 2011.gadā – hercoga Gotharda sarkofāgs, bet 2013.gadā hercogienes Annas sarkofāgs.
Pakāpeniski kapeņu vēstures ekspozīcija tiek paplašināta, turpinot pārējo sarkofāgu un tekstīliju restaurāciju.
Izstāde "Kurzemes hercogu kapenes"
Rundāles pils muzeja ekspozīcija Jelgavas pilī.
Divu Kurzemes hercogu Ketleru un Bīronu dinastiju apbedījumu vieta, kas veidojusies divu gadsimtu laikā. Apskatāmi dažādi sarkofāgi, no kuriem vecākais ir no 1569. gada, bet jaunākais - no 1791. gada.
Izstāžu telpās līdzās kapenēm izstādīti restaurētie tērpi un vēsturiskas ziņas par kapenēs guldītajām personām.
