Современная история Екабпилса разделяется на истории сразу двух городов.
Часть первая: образование Крустпилса.
В 1237 году на правом берегу Даугавы Рижский епископ Николай Магдебургский возвел Крустпилский замок (Kreutzburg), который стал постепенно обрастать постройками. В 1511 году Крустпилс упоминается в ленной книге старшего епископа как посад. Право называться городом Крустпилс получил в 1920 году.
Часть вторая: обращование Екабпилса.
На левом берегу Даугавы в 17 веке возле Островной таверны образовался лагерь плотогонов и барочников. В 1670 году актом Курземского герцога Екаба ему были предоставлены права города и название Jakobstadt, Екабский посад, Екабпилс.
Часть третья: совместная история.
Маленькие города сильно пострадали от войн и пожаров. После польско-шведской войны и до середины 19 века Крустпилс пребывал в упадке. В Первую Мировую войну в Екабпилсе во время обстрелов было разрушено 280 домов. Восстановлению и развитию городов способствовали выгодные торговые пути по Даугаве и открытая в 1861 году железнодорожная линия. Здесь возникло много предприятий – печи для обжига извести и кирпича, шерстечесальня, мельницы. На рубеже 19 и 20 веков на 4 фабриках музыкальных инструментов работало около 2000 человек. Понемногу города стали активными торговыми и культурными центрами.
Самым значимым Аугшземским городом Екабпилс становится в 1919 году, когда сюда из Яунелгавы переносят окружные административные учреждения. Во времена Латвийской Республики в городе развивались пищевая промышленность и производство стройматериалов. В 1932 году было построено крупнейшее по тем временам предприятие – сахарная фабрика.
Связь между двумя городами обеспечивает построенная в 1764 году паромная переправа через Даугаву. В 1936 году был построен мост, но он прослужил недолго, так как в конце июня 1941 года Советская армия взорвала один из его пролетов, а в 1944 году его полностью разрушила немецкая армия. Заново мост построили в 1962 году. Тогда же оба города объединили и административно, оставив название – Екабпилс.
