Rubeņu pirmais dievnams ir bijis koka ēka, ko cēluši jezuīti 1759. gadā Svēto Pētera un Pāvila godam. Tas atradies Rubeņu vecajā kapsētā, no tagadējās baznīcas gala durvīm labajā pusē aiz žoga. Baznīca bijusi Bebrenes draudzes filiāle, lai gan pie tās pastāvīgi dzīvojuši priesteri. Pēc mūra dievnama uzcelšanas veco koka baznīcu nojauca un no iegūtajiem būvmateriāliem uzcēla nelielu kapelu draudzes kapos.
Pašreizējo akmens mūra baznīcu uzcēla prāvesta Ādama Dobkieviča vadībā 1893. gadā arī uz senajiem kapiem, tikai pa kreisi no vecās koka baznīcas. Poļu izcelsmes prāvests Dobkievičs, kuru par priesteri virzījusi un finansiāli atbalstījusi kāda turīga radiniece Pēterpilī, Rubeņu draudzē kalpojis no 1884. līdz 1908. gadam. Pieminētā radiniece arī iedevusi prāvestam līdzekļus jauna dievnama celšanai Rubeņos. Tam plānu izstrādājis būvinženieris no Polijas, bet būvmateriālus topošajai celtnei pieveduši draudzes locekļi, par ko prāvests labi maksājis. Būvniecību pārzinājis darbu vadītājs, kura nevīžības dēļ sagāzusies viena uzceltā siena, tāpēc viņš tika atlaists, vietā paņemot citu. Pēc dievnama uzcelšanas vēl esot pāri palikusi labdares dotā nauda, kas glabājusies sakristejā. Pēc Dobkieviča nāves nauda pazudusi. No 1932. līdz 1933. gadam dievnama prāvests bijis slavenais kokgriezējs Antons Rimovičs, kurš bija izveidojis baznīcas dārzā četras stūra kapelas Vissvētākā Sakramenta procesijas dienām, divus biktskrēslus, koka rāmjus un tēlus Krustaceļam (līdzīgus meistars izgatavojis arī Pustiņas baznīcā), kā arī izlējis no cementa figūras baznīcas dārzam un kapu vārtiem. Pēc Rimoviča nāves aptuveni 300 viņa mākslas darbi tika aizvesti uz Šauļu muzeju.
1
