Pirmo reizi vēstures dokumentos Mālpils muiža minēta 1413.gadā.
Mālpils pils ir celta 14.gadsimta otrajā pusē. Kāda izskatījās 14.gadsimtā uzceltā pils nav zināms. Pirmais tās plāns ir saglabājies jau tikai no 17.gadsimta.
16.gadsimta otrajā pusē un 17.gadsimta sākumā, Mālpils pils vairākkārt mainīja savu saimnieku. 1625.gadā Zviedrijas karalis Gustavs II Ādolfs Mālpils muižu piešķīra pulkvedim Nilsam Asersonam Manneršildam.
1638.gadā Mālpils pils tika nodedzināta un no šī laika var sākt runāt par Mālpils muižu, kāda tā ir zināma šodien.
18.gadsimta sakumā pēc muižu redukcijas, Mālpils muiža tās īpašniekam pulkvedim Nilsam Assersonam Manneršildam tika atsavināta un palika kroņa (valsts) īpašumā, nevienam no muižniekiem to nepiešķīra.
Krievijas ķeizariene Elizabete Mālpils muižu 1753.gada 20.decembrī piešķīra pulkveža Melgunova sievai un kādai Strausa kundzei.
18.gadsimta otrajā pusē Vittes muižas īpašnieks landrāts Gustavs Vilhelms fon Taube savieno Vittes muižu ar Mālpils muižu, un no tā laika tās paliek apvienotas. Ar viņa pārvaldīšanas laiku sākas muižas centra apbūve. Ap muižu baroka stilā tika izveidots regulārs parks, izrakti dīķi. „Kungu mājas" celtniecība datēta ar 1760.gadu. Taube esot bijis nežēlīgs kungs, kas stipri izkalpināja savus zemniekus. Vēl līdz šodienai par viņu saglabājušies dažādi nostāsti un teikas. Stāsta, ka baronu, pastaigājoties paša veidotajā parkā, sakodusi čūska, no kuras dzēlieniem viņš tā arī nav atlabis un 1775.gada nogalē miris. Barons Taube sākumā apglabāts parkā, kur viņam tika uzcelts arī piemineklis ar uzrakstu vācu valodā: Piemineklis šo māju dibinātājam un cēlājam celts bērnu pateicībā. Visās darīšanās viņš veicināja savu līdzbrāļu labumu un nodrošināja savu bērnu laimi. Šodien tas tiek uzskatīts par vecāko zināmo kapakmeni Mālpils pagastā.
Pēc barona nāves muižu mantoja viņa dēls Fridrihs Vilhelms fon Taube, kurš 1806.gada 15.martā Mālpils muižu ieķīlāja kolēģijas padomniekam Vilhelmam fon Blakenhagenam par 132000 dālderiem. Par šo laiku ir maz vēstures liecību.
Pēc ķīlas termiņa beigām, 1820.gada 19.martā abas muižas vairāksolīšanā par 105000 sudraba rubļiem nopirka virsdirektors, landrāts Fridrihs fon Grote. No šī laika līdz pat atsavināšanai 1920.gadā, Mālpils muiža paliek fon Grotu dzimtas īpašums.
Pēc Fridriha fon Grotes nāves 1836.gadā, Mālpils muižu mantoja viņa dēls pulkvedis un vēlāk landrāts Fridrihs fon Grote. 1884.gadā to savukārt mantoja viņa dēls Aleksandrs fon Grote.
1905.gada revolūcijas laikā Mālpils muiža tika nodedzināta naktī no 27. uz 28.novembri. Ēka pilnīgi izdega. Uguns neskartas palika tikai mūra sienas.
Pēc revolūcijas muižā atgriezās tās īpašnieks Aleksandrs Grote. 1907.gadā viņš lika uzsākt muižas atjaunošanu pēc slavenā arhitekta Vilhelma Ludviga Nikolaja Bokslafa projekta. Darbus veica būvuzņēmējs Pēteris Menģelis no Cēsīm, kurs četru gadu laikā (no 1907. gadam līdz 1911.gadam ) atjaunoja „Kungu māju", izdarot tajā vairākus pārveidojumus. Pēc darbu pabeigšanas Mālpils muiža visumā ieguva izskatu, kādu mēs to redzam šodien.
1920.gada muižā bija izmitināta Mālpils sešklasīgā pamatskola, bet 1929.gadā „Kungu māja" tika nodota Latvijas Nacionālo atvaļināto karavīru biedrībai. Īpašums ieguva jaunu nosaukumu „Lāčplēši". Biedrība tomēr nespēja uzturēt tādu ēku, tādēļ to 1935.gadā par 20000 latiem pārdeva mālpilietim Teodoram Kerselim. 1940.gadā muižu nacionalizēja.
1949.gadā muižas ēkā uz mājturības tehnikuma bāzes tika atvērts Hidromeliorācijas un celtniecības tehnikums (līdz 1965.gadam), vēlāk te tika izvietota sovhoza administrācija (1965.-1981.). No 1966.gada līdz 2002.gadam muižā atradās Mālpils Zemkopības un meliorācijas muzejs.
1992.gadā muiža tika atdota Teodora Kerseļa mantiniekam Andrim Kerselim.
2003.gada janvarī „Kungu māju" iegādājas Aldis Plaudis. Pēc īpašuma iegādes sākās tehnisko projektu izstrāde visām muižas kompleksā ietilpstošajām ēkām - kungu mājai, dārza mājai, stallim - vāgūzim, klēts mājai.
Mālpils muižas kompleksā ir paredzēts izveidot mūsdienu prasībām atbilstošu augstas kvalitātes tūristu atpūtas kompleksu. Šodien Mālpils muižas „Kungu mājā" atrodas četru stāvu dizaina viesnīca, kas tika pabeigta 2008. gada augustā.
2
