Zebrus ezers izvietojies plašā pauguraines ieplakā kopā ar Svētes ezeru. Abus ezerus šķir 0.5 km platais Svētes purvs, senāk ezeri bija savienoti. Pirms meliorācijas darbiem ezera līmenis bija par 0.8 m augstāks. Zebrus ezera ZR galā atrodas Villiku purvs. Ezera ieplakas nogāzes daudzviet ir stāvas, krastmala lēzena, smilšaina arī akmeņaina. Austrumu krastā ir peldvieta.
Līdzās ezeram izvietojušies trīs seni pilskalni - Ezerlūķu, Smiltnieku un Elkus kalns (sena latviešu kulta vieta). Ezera gultnē dūņas un sapropelis līdz 8 m biezā slānī.
Netālu atrodas Svētes ezers, abu ezeru apkārtne ir kompleksais dabas liegums krāšņās ainavas un daudzo, šeit sastopamo, reto augu sugu dēļ.