Из-за холмистого рельефа Алуксне является самым высоко расположенным городом Латвии – примерно 200м над уровнем моря. Территория Алуксне была неселена уже во втором тысячелетии до Р.Х. В глубокой древности в здешних местах обитали племена финнов и ливов, а в 8-12 веках – летгалов. Именно поэтому существует мнение, что название города возникло от латгальского "oluksna", означающего родник в лесу. В исторических документах Алуксне упомянуто уже в 1284 году – в I и II хрониках Плескавы под названиями "Alyst" и "Volyst".
В 1342 году Ливонский орден под руководством Бурхарда фон Дрейлевана закончил постройку замка на живописном берегу озера Алуксне. В честь освящения замок был назван Мариенбургом. В то время Мариенбург являлся самой неприступной крепостью в восточной части владений ордена. Первым комтуром замка являлся Арнольд фон Фитингхоф, один из потомков Алуксненских помещкиов.
“Шли годы, бурь порыв мятежный” развеял всеобщую идиллию, и началась война за владычество над землями и людьми. В процессе замок неоднократно страдал от многочисленных набегов окрестных князьков, и постоянно менял хозяев. Так оставалось до начала Северной войны, когда в 1702 году здесь лоб в лоб столкнулись русские войска во главе с Шереметьевым и шведы. Приняв во внимание поговорку “уходя, гасите свет”, шведский капитан Вульф и солдат Готшлих собственноручно подорвали замок. Впрочем, русские не ушли с пустыми руками – они прихватили с собой в холодные снега России приёмную дочь одного из пробстов, будущую Екатерину I. В 1750 году Российская императрица Елизавета отдала Алуксне своему канцлеру графу Воронцову, который впоследствии продал его.
Алуксне известно также тесной связью с педагогической и литературной деятельностью Е. Глюка. Именно здесь он в 1685 году перевёл Новый Завет, а в 1689 – Ветхий Завет. Это историческое событие (перевод Библии вместе с датами) отображено на гербе Алуксне.
Развитие Алуксне началось в 1861 году, когда помещик выделил место землю под посёлок, и особенно активизировалось в 1903 году после создания железнодорожной ветки Стукмани–Гулбене–Алуксне–Валка. Во время Первой независимой Латвии Алуксне было самым большим городом округа Валка и важным экономическим, культурным и общественным центром Малиены.
Права города Алуксне получило в 1920 году.
